Campus numérique de médecine d'urgence

Document mis à jour le 3 septembre 2015

jeudi 3 septembre 2015, par INVS

Document InVS, destiné aux cliniciens, précisant la procédure de signalement des cas liés au MERS-CoV

 A/ Définition de cas d’infection à MERS-CoV :

Modifications de la définition de cas par rapport à celle du 11 juin 2015 concernent la suppression des patients ayant séjourné en Corée du Sud.

Modifications de la définition de cas par rapport à celle du 13 Aout 2015 concernent la suppression dans la liste des pays concernés, des 4 pays suivants : Liban, Israël, la Palestine et la Syrie.

Définition de cas

- Cas possible :
a) Toute personne ayant voyagé ou séjourné dans les pays listés (Cf. ci dessous), qui, au cours des 14 jours après son retour, a présenté :
des signes cliniques et/ou radiologiques de détresse respiratoire aiguë (SDRA) ou d’infection du parenchyme pulmonaire, avec une fièvre ≥38°C et de la toux, sans autre étiologie identifiée pouvant expliquer la pathologie.
b) Tout contact (ex : famille, soignants) d’un cas possible ou confirmé, ayant présenté une infection respiratoire aiguë quelle que soit sa gravité, dans les 14 jours suivant le dernier contact avec le cas possible/confirmé pendant que ce dernier était malade (i.e. symptomatique).
c) Toute personne ayant travaillé ou ayant été hospitalisée dans un établissement hospitalier dans un des pays listés et ayant présenté une infection respiratoire aiguë quelle que soit sa gravité, dans les 14 jours suivant le dernier contact avec cet établissement.
d) Toute personne ayant eu un contact proche avec un dromadaire ou un produit issu de l’animal (lait non pasteurisé, viande crue, urine) dans un des pays listés et ayant présenté une infection respiratoire aiguë, quelle que soit sa gravité, dans les 14 jours suivant ce contact.

Pour les personnes immunodéprimées ou présentant une pathologie chronique, il faut considérer également la survenue d’un syndrome fébrile avec diarrhée et/ou tableau clinique sévère.
- Cas confirmé :
Cas possible avec prélèvements indiquant la présence du nouveau coronavirus MERS-CoV.

Liste des pays considérés à risque :

La liste des pays à risque inclut les pays qui ont rapporté des cas et où la circulation du virus a été documentée ainsi que les pays limitrophes et les pays du Moyen Orient qui ont rapporté des cas
autochtones récemment : Arabie Saoudite, Bahreïn, Émirats Arabes Unis, Irak, Iran, Jordanie, Koweït, Oman, Qatar, Yémen.

Etat Capitale Lien site France Diplomatie
Arabie Saoudite Riyad http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/arabie-saoudite-12199/
Bahrein Manama http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/bahrein-12205/
Émirats arabes unis Abou Dabi http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/emirats-arabes-unis-12240/
Irak Bagdad http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/irak-12261/
Iran Téhéran http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/iran-12262/
Jordanie Amman http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/jordanie-12269/
Koweit Koweït http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/koweit/
Oman Mascate http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/oman-12328/
Qatar Doha http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/qatar-12349/
Yemen Sanaa http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/yemen-12308/
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Par ailleurs, nous rappelons que, dans le cadre de la détection des émergences, tout regroupement de cas d’infections respiratoires aiguës graves hospitalisées, avec ou sans notion de voyage ou résidence en zone géographique à risque, doit être signalé et investigué, en particulier chez du personnel soignant.

 B/ Modalités de classement des cas, de gestion et de prise en charge des infections à MERS-CoV ainsi que description du circuit des prélèvements

Ces modalités sont développées dans l’avis du Haut conseil de la santé publique (HCSP) du 24 avril 2015 qui
est une actualisation des avis du 28 juin et du 30 octobre 2013.
Dans la situation actuelle, les médecins prenant en charge un patient et suspectant
- soit un cas possible répondant à la définition ci-dessus ;
- soit un regroupement de cas d’infections respiratoires aiguës graves hospitalisées,
doivent toujours signaler ces situations, par téléphone au point focal régional de l’Agence régionale de
santé (ARS) pour validation de la classification du cas possible d’infection à MERS-CoV par l’InVS (Cire ou
astreinte).
Si le cas est classé comme cas possible, le clinicien précisera s’il existe des personnes co-exposées ou des
contacts étroits à investiguer.

 C/ Si confirmation d’infection d’un cas à MERS-CoV

L’InVS signalera le cas aux autorités nationales (DGS) et internationales (ECDC et OMS).
L’ECDC et l’OMS publient sur leur site les dernières informations disponibles sur les infections à
coronavirus.
http://www.ecdc.europa.eu/en/healthtopics/coronavirus-infections/pages/index.aspx
http://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/en/
http://www.who.int/csr/don/archive/disease/coronavirus_infections/en/index.html

 1. Conduite à tenir pour le signalement des cas possibles

Dans la situation actuelle, les médecins prenant en charge un patient et suspectant
- soit un cas possible répondant à la définition ci-dessus ;
- soit un regroupement de cas d’infections respiratoires aiguës graves hospitalisées,
doivent toujours signaler ces situations, par téléphone au point focal régional pour validation de la classification du cas possible d’infection à MERS-CoV par l’InVS via la Cire.

Ils préciseront s’il existe des personnes co-exposées ou des contacts étroits à investiguer. Le clinicien signalera ces situations également :
- au directeur de l’établissement de santé concerné,
- au laboratoire de microbiologie référent (qui prendra contact avec les autres biologistes pour organiser la gestion des prélèvements au sein de l’établissement),
- à l’équipe opérationnelle d’hygiène (qui s’assurera de la mise en place des précautions d’hygiène recommandées lors des soins et des prélèvements),
- aux référents en infectiologie, au(x) médecin(s) traitant(s).

Pour la gestion et la prévention des infections à MERS-CoV :

Le Haut conseil de la santé publique (HCSP) a publié le 28 juin 2013 un avis relatif à la gestion et à la prévention des infections à MERS-CoV.
Les modalités de prise en charge des sujets contacts asymptomatiques et pauci-symptomatiques de cas confirmés d’infections à MERS-CoV sont précisées dans l’avis du HCSP du 30 octobre 2013.

 2. Circuit des prélèvements pour le diagnostic de MERS-CoV

A) Pour tout cas possible validé avec l’InVS, des prélèvements respiratoires, en vue d’une recherche concomitante des étiologies habituelles et du MERS-CoV, doivent être recueillis.
➢ Le prélèvement en vue de la recherche de coronavirus doit être envoyé en fonction de la situation au laboratoire régional habilité par l’ARS de rattachement ou au Centre National de Référence des virus Influenzae ou à la CIBU (Cf modalités et coordonnées en Annexe).

B) Pour les cas groupés d’infections respiratoires aiguës graves, les mêmes recherches s’effectueront en deux temps, afin de pouvoir enclencher la recherche de coronavirus en cas de négativité des étiologies habituelles.

C) Par ailleurs, les cliniciens ou microbiologistes ayant eu connaissance de cas d’infections à MERS- CoV, identifiés en dehors du circuit de signalement décrit ci-dessus, sont invités à contacter le CNR pour confirmation.

 3. En cas de confirmation d’infection à MERS-CoV

L’InVS signalera le cas aux autorités nationales (DGS) et internationales (ECDC et OMS).

Liens utiles

L’ECDC et l’OMS publient sur leur site les dernières informations disponibles sur les infections à coronavirus
- http://www.ecdc.europa.eu/en/healthtopics/coronavirus-infections/pages/index.aspx
- http://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/en/
- http://www.who.int/csr/don/archive/disease/coronavirus_infections/en/index.html

 CORONAVIRUS – Fiche technique et coordonnées du CNR et de la CIBU (09/07/2013)

 CONDITIONS DE PRÉLÈVEMENT CHEZ LES CAS POSSIBLES D’INFECTION DUE AU NOUVEAU CORONAVIRUS (MERS-CoV) 

Les examens de laboratoire sont réalisés sur des cas possibles, validés par l’InVS. Ils visent à la recherche du MERS-CoV, mais aussi des autres agents pathogènes à tropisme respiratoire afin de permettre un diagnostic d’exclusion.

Avant de réaliser les prélèvements :
Le médecin assure sa protection pour réaliser l’examen clinique et le prélèvement avec notamment le port d’un appareil de protection respiratoire (type FFP2), de lunettes, de sur-blouse et de gants à usage unique (précautions complémentaires air et contact)
Par ailleurs, nous rappelons que les laboratoires doivent être prévenus de la présence de prélèvements provenant de cas possibles d’infection à MERS-CoV et doivent veiller à la stricte application des précautions d’hygiène.
Dans tous les cas utiliser des tubes ou des flacons stériles dont le volume est adapté au volume de prélèvement et qui possède une fermeture hermétique

Dans l’état actuel des connaissances sur ce virus, il est important de réaliser différents types de prélèvements (respiratoires, sang et selles) listés ci-dessous :

1. Prélèvements respiratoires

Réalisés le plus précocement possible après l’apparition de la fièvre, ils seront répétés à partir de J4 d’évolution clinique s’ils se sont révélés négatifs pour le MERS-CoV avant cette date (voir avis du 28/06/2013 du HCSP).
Ils comprennent à la fois des prélèvements des voies respiratoires basses qui ont démontré une meilleure sensibilité pour la recherche du MERS-CoV et des prélèvements naso-pharyngés, plus adaptés à la recherche des autres virus respiratoires.
- Prélèvements des voies respiratoires basses
Chez les patients non intubés/non ventilés, ils sont recueillis lors d’un effort de toux, une expectoration provoquée ou par aspiration trachéale.
Chez le patient intubé, ils sont recueillis par lavage broncho-alvéolaire sous fibroscopie, ou à défaut, prélèvement distal protégé, aspiration trachéale, mini-lavage alvéolaire dirigé ou aveugle.
Chez l’enfant, le recueil d’une expectoration étant très difficile, les prélèvements seront recueillis par aspiration naso-pharyngée après une séance de kinésithérapie respiratoire (expectoration provoquée)
Conservation à 4°C, pas de congélation ET Expédition à 4°C.
- Ecouvillonnage naso-pharyngé
Les prélèvements naso-pharyngés doivent être réalisés avec un kit dédié aux prélèvements de virus respiratoires, constitué d’un écouvillon et d’un milieu de transport (références disponibles auprès du CNR) Réalisation du prélèvement : incliner la tête du patient, introduire l’écouvillon profondément dans la narine parallèlement au plancher du palais, bien frotter les parois pharyngées suffisamment haut dans chaque narine avec l’écouvillon puis plonger ce dernier dans le milieu de transport, casser la tige et bien refermer le tube. Contacter le CNR en cas de difficulté.

2. Autres prélèvements nécessaires :

Prélèvements de sang : 1 tube sec systématique et 1 tube EDTA si possible (appliquer les précautions d’usage)
Prélèvement de selles (ou écouvillonnage rectal), en cas de diarrhée (en respectant strictement les mesures d’hygiène de type « contact »)
Conservation à 4°C, pas de congélation. Expédition à 4°C.

Après réalisation du prélèvement :

Remplir avec soin la fiche pour l’envoi des prélèvements en indiquant le nombre et le type de prélèvements réalisés.

Acheminement des prélèvements au laboratoire de microbiologie

Au sein de l’établissement, tous les échantillons biologiques des patients classés « cas possibles » (a fortiori des cas confirmés) qu’ils soient respiratoires (superficiels ou profonds), de sang, de selles, d’urines ou autres, doivent être acheminés au laboratoire sous triple emballage.

Expédition

L’expédition se fait obligatoirement par transporteur utilisant un conditionnement de type classe 3. Les prélèvements doivent être adressés :
- au laboratoire régional habilité par l’ARS de rattachement ou
- à l’un des 2 laboratoires du Centre National de Référence (CNR) des virus Influenzae s’il n’y a pas de laboratoire régional en capacité de diagnostiquer le virus MERS-CoV,
- ou à la Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence (CIBU) de l’Institut Pasteur les jours non ouvrés, (voir coordonnées ci-dessous).

Élimination des déchets

Placer le matériel potentiellement contaminant dans les récipients prévus à cet effet. Il devra être éliminé selon les règles d’hygiène en vigueur. Enlever dans l’ordre suivant :
- (1) les gants, la surblouse, se frictionner les mains avec une solution hydro-alcoolique, puis,
- (2) retirer les lunettes et les nettoyer avec une lingette détergente/désinfectante, retirer l’appareil de protection respiratoire en dehors de l’atmosphère contaminée et se frictionner les mains avec une solution hydro-alcoolique. Tous les matériels jetables doivent être placés dans un container à déchets contaminés.

 Coordonnées du Centre national de référence – Virus Influenzae et de la Cibu

CNR coordonnateur

Institut Pasteur
Unité de génétique moléculaire des virus à ARN Département de virologie
25, rue du Dr Roux, 75724 PARIS CEDEX 15

Nom du responsable : Pr Sylvie van der WERF

Tel : 01 45 68 87 25 (secrétariat) – 01 45 68 87 22 – Fax : 01 40 61 32 41
Email : sylvie.van-der-werf@pasteur.fr

CNR Laboratoire associé

Hospices civils de Lyon (HCL
Laboratoire de Virologie Est Institut de Microbiologie)
Centre de Biologie et de Pathologie Est 59 Bd Pinel, 69677 BRON CEDEX
Nom du responsable : Pr Bruno LINA
Tel ; 04 72 12 96 17 (secrétariat) – 04 72 12 96 57 – Fax : 04 72 12 95 00
Email : bruno.lina@chu-lyon.fr ; lina@univ-lyon1.fr ghe.grippe-france-sud@chu-lyon.fr

Cellule d’intervention biologique d’urgence (Cibu)

Institut Pasteur
25 rue du Dr Roux, 75724 PARIS CEDEX 15
Nom du responsable : Dr Jean-Claude MANUGUERRA
Tel : 01 40 61 38 08 ; Email : jmanugu@pasteur.fr
En dehors des heures ouvrées (astreinte microbiologique) ; Email : sam-liaison@pasteur.fr ; Tél : 06 86 68 35 53


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